文化局表示，有關汾陽居是否因為建物列冊不公開而遭拆除，查案址建物於107年9月5日啟動文化資產鑑定程序即為「暫定古蹟」，惟107年10月16日發生汾陽居暫定古蹟右側稍間部分誤拆案，文化局隔(17)日即辦理破壞情形釐清現場會勘、請主辦機關提交保護計畫，並依文資法第103條涉刑事部分於10月19日至警局報案，過程中本局皆以暫定古蹟的態度處理本案。
針對外界質疑市府未依文資法第103條追究責任，甚至懷疑有縱放情事，文化局強調，涉及文資法第103條刑罰部分，本局已於107年10月19日向轄區警分局報案，經士林地檢署刑事偵結後於108年2月22日作為不起訴處分。報導所言相關判決網路查詢不到，係因不起訴處分之相關處分書原即不會公告於相關網站，非本局有縱放之嫌。本局為追究相關毀損責任，另依文資法第106條於108年6月24日行政裁罰主辦機關、監造及工程單位各30萬元合計共90萬元，相關罰鍰已繳納完畢。
文化局說明，國立政治大學非臺北市政府相關單位，本府機關代表無須迴避，化南新村訴願撤銷的主要理由，係該次會議有機關代表委託代理人出席，惟其是否參與投票並未清楚記載。本案之爭點與機關代表是否需迴避無關。
針對監察院指出本府文資審議程序未遵守利益迴避原則一事，文化局重申，文資法於105年進行大幅度修正相關細則及子法於106年7月底始公告，審議會之組織運作，以現觀之或許未臻完善，惟於監察院對於本案糾正過後，及文化部配合於108年4月22日公告更為完整詳盡之作法，本府皆依法辦理，以求程序完備。